Для того, чтобы с помощью Flask вернуть в ответе строку в виде csv-файла, можно воспользоваться объектом Response:

import flask

...

csv_string = '1,2,3\n4,5,6\n7,8,9'

return flask.Response(
    csv_string,
    headers={ 'Content-disposition': 'attachment; filename=file.csv' },
    mimetype='text/csv'
)